A Controladoria é responsável pela elaboração das demonstrações contábeis e gerenciais da Furj, mantenedora da Univille. É de sua competência lidar com os aspectos da gestão econômica, exercendo sua função em todas as fases do processo de gestão: planejamento, execução e controle.
Está dividida em contabilidade geral, contabilidade gerencial, contabilidade fiscal e contabilidade social.
Na contabilidade geral, são executados os serviços de elaboração das demonstrações contábeis, acompanhamento das conciliações, análises de balanço e controle patrimonial. A contabilidade gerencial é responsável pela elaboração e execução orçamentária, bem como a contabilidade de custos e a formação de preços. Por fim, contabilidade social abrange o levantamento de dados financeiros para quantificar a responsabilidade social da instituição, por meio do balanço social e relatório de atividades e atendimento a legislação da assistência social.